Тут дело не в конвертере, а в musescore. Конвертер работает корректно, но у Вас не получается сохранить файл в нужном формате в исходной программе.
Я прошу прощения за настойчивость, но Вы пробовали пролистать все варианты сохранения именно стрелкой до конца? Не просто мышкой щелкнуть и не увидеть.
Последовательность действий такая:
Файл - Экспорт - далее мышкой, чтобы выпал список, а потом именно стрелкой с клавиатуры до самого конца.